O Secretariado Executivo é o principal órgão executivo da CPLP e tem a competência de:

 (i) Implementar as decisões da Conferência, do Conselho de Ministros e do Comité de Concertação Permanente;

(ii) Planificar e assegurar a execução dos programas da CPLP;

(iii) Organizar e participar nas reuniões dos vários órgãos da CPLP;

(iv) Acompanhar a execução das decisões das Reuniões Ministeriais e demais iniciativas no âmbito da CPLP.

O Secretariado Executivo é dirigido pelo Secretário Executivo. O Secretário Executivo é uma alta personalidade de um dos Estados membros da CPLP, eleito para um mandato de dois anos, mediante candidatura apresentada rotativamente pelos Estados membros, por ordem alfabética crescente.  No final do mandato, o Estado membro cujo representante nacional ocupa o cargo de Secretário Executivo tem a possibilidade de apresentar a sua recandidatura, por mais um mandato de dois anos.

O Secretário Executivo é auxiliado nas suas funções pelo Secretário Executivo Adjunto. Os Estatutos (revisões de São Tomé/2001, Brasília/2002, Luanda/2005 e Bissau/2006) fixam, desde a Cimeira de Bissau, a existência de um Director-Geral, sendo que o cargo de Secretário Executivo Adjunto cessará com a sua nomeação.

O Director-Geral vai ser recrutado entre os cidadãos nacionais dos Estados membros, mediante concurso público, pelo prazo de 3 anos, renovável por igual período. O Director-Geral vai ser o responsável, sob a orientação do Secretário Executivo, pela gestão corrente, planeamento e execução financeira, preparação, coordenação e orientação das reuniões e projectos activados pelo Secretariado.

As principais competências do Secretário Executivo são:

a) Empreender, sob orientação da Conferência ou do Conselho de Ministros ou por sua própria iniciativa, medidas destinadas a promover os objectivos da CPLP e a reforçar o seu funcionamento;

b) Apresentar propostas ao Conselho de Ministros e às Reuniões Ministeriais, após consulta ao Comité de Concertação Permanente;

c) Nomear o pessoal a integrar o Secretariado Executivo após consulta ao Comité de Concertação Permanente;

d) Realizar consultas e articular-se com os Governos dos Estados membros e outras instituições da CPLP;

e) Propor a convocação de reuniões extraordinárias sempre que a situação o justifique;

f) Responder pelas finanças, pela administração geral e pelo património da CPLP;

g) Representar a CPLP nos fora internacionais;

h) Celebrar acordos com outras organizações e agências internacionais, após aprovação pelo Comité de Concertação Permanente;

i) Exercer quaisquer outras funções que lhe forem incumbidas pela Conferência, pelo Conselho de Ministros e pelo Comité de Concertação Permanente;

j) O Secretário Executivo poderá delegar no Director Geral parte das suas funções incluindo, com carácter excepcional e informados os Estados membros, a sua representação no exterior.